Restrinja o acesso a preços e checkout na sua loja B2B só a para usuário cadastrados podendo implementar um fluxo para aprovação de clientes e limitando a solicitação de cadastros só para usuários com CNPJ.
Configure a loja para ter quantidade mínima por produto, total no carrinho montante mínimo ou uma combinação de ambos. Defina também regras específicas para descontos progressivos gerais na loja, por produtos ou exclusivos para alguns clientes
Faça uma venda consultiva em contato com o cliente por whatsapp ou telefone e crie o carrinho enviando para o cliente conferir e efetuar o pagamento ou já gere o pedido e envie apenas o pix para pagamento.